История создания высших учебных заведений Бухары связана с историей Мечети Джами (712-713), и таких медресе, как Фаржак (VIII век), Гарбия (1088-1677), Улугбек (1417), Мири Араб (1535), Абдулазизхан (1652), Надир Диван-Беги, Кукельдаш. До 1920 года в городе Бухаре насчитывалось 127 медресе. Наряду с выдающимися учёными и мыслителями Бухары Исмаил аль-Бухари, Абу Али ибн Сина, Абу Бакр Наршахи, Абдулхалик Гиждувани, Бахауддин Накшбанд, Ходжаа Исмат Бухорий, А.Дониш, С.Айний, А.Фитрат, Рудакий, Замаршахий, Умар Хайям, Махтумкули, Б.Кербобоев, Мукимий в этих медресе учились такие великие сыны Востока, как Рудаки, Замашхари, Умар Хайям, Махтумкули, Б.Кербабаев, Мукими.
В 1922 году по решению Бухарской народной республики в Бухаре и в Чарджоу открылся институт народного просвещения. Это были первые шаги на пути создания современного высшего образования. Абдурауф Фитрат и Файзулла Ходжаев выходят с предложением создать на базе института университет, однако после завершения Бухарской народной республики эта идея не сбылась. В 1930 году был открыт Бухарский педагогический институт. В первые годы существования данного учебного заведения, имелись лишь два отделения – историко-общественный и химико-биологический, а количество студентов составляло 45 человек. Уже к 1935 году в БухГИ имелись 2-х летний институт учителей и пять отделений, которые впоследствии были преобразованы в факультеты. Большой вклад для процветания этого института внесли такие ученые как А. Фитрат, М. Салихов, М. Саиджанов, Б. Чупанзаде, И. Кожин, Ф. Трудаков, П. Короленко, Н. Меркулович, В. Абдуллаев, Г. Юсупов и другие.
Во время Второй мировой войны, большинство преподавателей и 47 студентов добровольцами отправились на фронт и институт функционировал лишь частично. В этот трудный период для того, чтобы привлечь больше студентов к учебе в городах Карши, Гиждуван и Шафиркан были открыты небольшие филиалы Бухарского института. Именно с филиала Бухарского педагогического института берут своё начало университеты Карши, Термеза и Ургенча, являющиеся в настоящее время ведущими высшими учебными заведениями независимого Узбекистана.
В послевоенные годы институт стал развиваться и стал одним из ведущих высших учебных заведений. Если в 1946-1960 годах количество студентов института составляло 521, то к 1960-1980 годы оно увеличилось до 1575, а в 1980-е годы до 7531. В институте вели деятельность такие ведущие учёные, как М.Мирзаев, Ш.Балавадзе, С.Алиев, М.Абдуллаев, В.Муминов, Н.Жаббаров, Ж.Намозов, Н.Неъматов, Ф.Косимов, Б.Очилов, Р.Вохидов, О.Сафаров, А.Атоев, О.Ёриев, Р.Рахмонов, К.Зарипов, С.Иноятов, О.Розиков и другие. Наибольшее развитие получили такие направления в науке, как биология, химия, физика, гелиотехника, ихтиология, философия, география, история, лингвистика, филология и литературоведение. В 1989 году в институте открылась аспирантура по направлению подготовки « Языкознание и литературоведение». Институт стал одним из центров современной науки Республики и в 1981 году был награжден орденом.
Можно отметить с гордостью, что выпускниками Бухарского педагогического института были такие известные общественные, культурные, научные и политические деятели Узбекистана и соседних стран, как народная поэтесса Таджикистана, лауреат Госпремии имени Рудаки Г.Сулаймонова, народный поэт Ж.Камол, народный писатель Н.Аминов, Член-корреспондент Белорусской академии А.Столяр, директор Ташкентского Академического института имени Наваи Ф.Мирзаев, чемпионы мира С.Курбонов и В.Хужаевы.
